Fundacja stale współpracuje ze szkołami mając na celu aktywizację nauczycieli do prowadzenia szkolnych kół matematycznych (zarówno dla uczniów szczególnie uzdolnionych, jak i w charakterze zajęć wyrównawczych pozwalających słabszym uczniom podnieść swoje umiejętności do wymaganego na tradycyjnych lekcjach poziomu), a także zachęca do wykorzystywania podczas dodatkowych zajęć nowoczesnych technologii. Głównym przedmiotem współpracy ze szkolnymi kołami naukowymi jest projekt „Certyfikat Przyjaciela Matematycznego Zoo”.
W okresie marzec-czerwiec 2012 fundacja zaplanowała i podjęła się realizacji z własnych środków projektu „Certyfikat Przyjaciela Matematycznego Zoo”. W ramach uczestnictwa w projekcie nauczyciele prowadzący koła naukowe w szkołach podstawowych wypełniali formularz online dostarczający informacji o prowadzonych przez nich kółkach i statystyk odnośnie wyposażenia szkół w sprzęty multimedialne, składając tym samym swoje kandydatury do otrzymania certyfikatu.
Efektem zgłoszeń fundacja uhonorowała certyfikatami Przyjaciela Matematycznego Zoo około 100 kół matematycznych.
http://matzoo.pl/przyjaciele2012
Projekt był także okazją do otrzymania informacji zwrotnej na temat wykorzystywania serwisu Matematyczne Zoo w szkołach, opinii bezpośrednio od nauczycieli matematyki i ich uczniów. Nadesłane przez nauczycieli opinie opublikowane zostały tutaj: http://matzoo.pl/szkoly